Отличия существенны.
На одном физическом компе может располагаться только один выделенный сервер. У тебя к нему полный доступ и полные характеристики работы. Никто не сможет посмотреть что там твориться, но и админить нужно лучше самому ядро системы обновлять(для нихов).
На виртуальном же всё подругому, на админе можно сэкономить так как обычно поддерживают хостеры. При этом ядро систему ты сам пересобрать уже не сможешь
Да и рессурсы делятся между всеми пользователями хоть и указываются значения, но они либо минимальны либо условны. Плюс ко всему админы хостинга могут зайти физически на комп с серверами(виртуальными) и посмотреть все директории(там у каждого пользователя своя), следовательно все твои данные открыты для их просмотра да и если соседа по серверу ломанут, то и до тебя добраться можно. Хотя это уже больше к теории на практике сложно.
Но по цене и простоте ничего лучше виртуалки нет.