Re: вопрос новичка
Понижение обязательно будет, вплоть до исключения сайта из выдачи. По Вашему описанию получается линкопомойка какая-то а не сайт.
Решить проблему можно, закрыв ссылки в каталоге от индексаций, или сделать редиректом, хотя тут уже ставится вопрос, какой смысл от самого каталога?
В любом случае рекомендую закрыть пока его, нарастите потенциал сайта, поднимите его трас, поднимится и доверие в глазах ПС, после можете и по каталогу работать.